La A. S. D. Yamato Milano viene fondata nel 1967 da Giancarlo Beltramini e Renato Losa, appassionati di Arti Marziali, in particolare del Judo, allora affiliato con la FIAP (Federazione Italiana Atletica Pesante, attualmente la FIJLKAM) e di Ju Jitsu, affiliato con l'Associazione Saetta Rossa di Genova-Nervi (oggi non più esistente); la sua denominazione iniziale era Società Sportiva Fiamma Yamato.
Beltramini e Losa promuovono questo inizio di attività sportiva con entusiasmo assieme ai giovani figli Maurizio e Gianni Beltramini e Franco Losa, atleti in entrambe le discipline.
Da sottolineare che delle Associazioni Sportive Lombarde fondate negli anni '60 le uniche attualmente ancora in attività nel nostro capoluogo sono la A.S.D. Yamato Milano e la A.S.D. Jigoro Kano Milano.
La sede provvisoria, per un paio di stagioni sportive, è ubicata in uno scantinato nella zona di via Padova; diviene definitiva nel 1969 nei locali di via Treviso, 5; questa sede sarà operativa sino al dicembre del 1991.
Contemporaneamente alla scelta di trasferirsi nei locali della nuova sede di via Treviso, i due fondatori, per motivi personali, decidono di separarsi e da questa scissione nasce la S. S. Nippon Club che continuerà l'attività sempre a Milano, ma in via Termopili 7.
Renato Losa rimane promotore delle attività alla S. S. Fiamma Yamato e l'insegnante della sezione Judo è il maestro Oashi; la S. S. Nippon Club è gestita da Giancarlo Beltramini con la supervisione tecnica del maestro Fulvio Aragozzini; la storia delle due Associazioni si incrocerà ancora negli anni a seguire.
Alla S. S. Fiamma Yamato, dopo il maestro Oashi tornato in Giappone qualche anno dopo, si avvicendano nell'insegnamento del Judo Orazio Castellan, Rinaldo Piano e Franco Carrescia; dal 1 settembre 1979 assume la Direzione Tecnica il maestro Roberto Ghetti che, nel gennaio del 1981, diviene anche Presidente della Associazione Sportiva Yamato Milano, rinnovata nella denominazione, nei colori sociali e con un logo, un Samurai stilizzato creato dal Designer Paolo Zanotto, che ancora oggi la rappresenta.
Nel 2006 la FITA, Federazione Italiana Tae Kwon Do, conferisce alla Yamato Milano il Diploma al Merito Sportivo, in occasione dei trenta anni di attività ed in quanto l'Associazione è stata la prima società tesserata a tale Federazione in Lombardia.
L'organigramma interno dell'Associazione non varia di molto sino al 2006, anno in cui il M° Ghetti, per impegni di lavoro, lascia la carica di Presidente e la Direzione Tecnica dei vari settori sportivi dell'Associazione al M° Renato Cumia, il quale ricopre la carica fino alla metà del 2017, quando avendo deciso di trasferirsi altrove passa l'incarico all'Istruttore Christian Varsi che assieme al Consiglio Direttivo continua a portare avanti tale progetto con la stessa passione e dedizione del suo predecessore.
La storia delle sedi successive alla fondazione
Nel 1984, data la richiesta degli associati per le attività di fitness, viene creata una sede distaccata della A. S. Yamato Milano in via Treviso 6 denominata "Yamato 2"; qui si svolge esclusivamente attività di ginnastica, danza classica, moderna, body building e altre discipline in voga all'epoca.
Nel 1986 la gestione Tecnica della A. S. Nippon Club, pur mantenendo la propria sede storica di via Termopili, viene nuovamente riunita alla
A. S. Yamato Milano sotto la Direzione del M° Ghetti.
Nel settembre 1991 la A. S. Yamato Milano viene sfrattata dalla sede di via Treviso 5 per la vendita dei locali da parte del proprietario e si adatta temporaneamente, per sue attività istituzionali, presso la "Yamato 2" in via Treviso, 6 fino al definitivo trasferimento, nel settembre del 1993, in quella attuale di via Bengasi 2; in questa data la A. S. Nippon Club si fonde nuovamente alla A. S. Yamato Milano anche come sede e, contestualmente, viene deciso dal Consiglio Direttivo di eliminare la denominazione A. S. Nippon Club mantenendo unicamente quella attuale.
Nel settembre 1994 viene creata la A. S. Yamato Milano Sarpi in via Paolo Sarpi 41, associazione a sè stante rispetto alla A. S. Yamato Milano, ma con la medesima Direzione Tecnica; nel 1997 Tino Scura assume la carica di Presidente e la gestione Tecnica della A. S. Yamato Milano Sarpi che si rende totalmente autonoma.